小肠造影是诊断克罗恩病的重要方法之一，对克罗恩病的节段性改变、肠腔狭窄、肠壁溃疡及卵石征等征象诊断的敏感性和特异性较高，但对于肠管周围的并发症，如蜂窝织炎或脓肿不易发现。该检查经济实惠，但耗时长、有一定的辐射，而且对操作者的个人经验和检查方法有一定的要求。
小肠CT（CTE）检查不仅可以观察到整个肠壁的病变情况及肠道外的并发症，而且具有极高的时间、空间分辨率，检查费用合适。CTE检查的一大挑战是肠管充盈情况，若肠道充盈不佳，容易误诊、漏诊或对诊断造成假象，CTE检查的缺点是对人体有一定的辐射危害。因此常作为影像第一次检查，随访以小肠磁共振更多作为选择。
小肠磁共振（MRE）检查与CTE比较，最大的优势是没有电离辐射，组织分辨率较高，尤其适用于年轻患者。许多文献报道，CTE和MRE在克罗恩病的诊断中的敏感性相仿，但是MRE检查时间较长，对于许多不能耐受较长检查时间的患者不适用，而且时间分辨率与空间分辨率均低于CTE检查。
超声检查（Utrasonography）对于腹腔内瘘管、脓肿等的敏感性比较高，价格便宜，检查方便，而且没有辐射，但有些部位的病变超声无法发现，而且超声检查受肠内气体的影响较大。在全消化道评估上存在局限性，但由于检查方便、价格便宜，在随访评估方面具有优越性。