囊肿的体积通常较小，直径多在1cm左右，绝大多数是在颅脑MRI检査时被偶然发现，临床意义尚不明确，多为一种正常变异。
松果体囊肿大多无临床症状，定期复查MR了解大小变化即可，多数无继续增大。少数可压迫中脑导水管并引起不同程度的脑积水，出现相应的临床症状，如头痛等，如出现严重的压迫症状，可微创手术治疗。
松果体囊肿大部分为良性病变；如果MRI上显示病灶体积进行性增大、病灶强化和发生出血卒中，提示为恶性肿瘤；而且后期脑积水?的发生率较高，必须引起高度重视。